Sau khi thành lập chính quyền Minh Trị, Iwakura đóng vai trò quan trọng vì ảnh hưởng và lòng tin mà ông có với Thiên hoàng Minh Trị. Ông chịu trách nhiệm lớn trong việc tuyên cáo bản"Ngũ cá điều ngự thệ văn"năm 1868, và việc phế phiên, lập huyện.

Ít lâu sau khi được bổ nhiệm làm Hữu Đại Thần năm 1871, ông dẫn đầu một đoàn đi vòng quanh thế giới trong vòng 2 năm, còn gọi là phái đoàn Iwakura, viếng thăm Hoa Kỳ vài nước Châu Âu với mục đích tái đàm phán lại các hiệp ước và thu thập thông tin giúp cho công cuộc hiện đại hóa Nhật Bản. Khi ông trở về Nhật Bản năm 1873, đúng lúc ngăn chặn được cuộc chinh phạt Triều Tiên (Chinh Hàn Luận). Nhận ra rằng Nhật Bản không có chút tư cách nào thách thức các cường quốc phương Tây trong tình trạng hiện nay, ông chủ trương củng cố cơ cấu triều đình, mà ông cảm thấy có thể hoàn thiện bằng cách soạn thảo một bản Hiến pháp và một hình thức hạn chế của nền dân chủ đại nghị. Ông ra lệnh cho Inoue Kowashi bắt đầu soạn thảo Hiến pháp năm 1881, và ra lệnh cho Ito Hirobumi đến châu Âu để học tập nhiều hệ thống của họ.